All'Archivio delle fedi di battesimo di San Giovanni appartengono i documenti più consultati dell'intera collezione. Si tratta dei registri dei battezzati, in cui si conserva memoria di quanti ricevettero il primo sacramento nel Battistero fiorentino. È soltanto dai tempi recenti dell'arcivescovo Elia Dalla Costa (sinodi del 1935 e 1945) che le chiese parrocchiali della diocesi sono dotate di un proprio fonte battesimale: prima di allora tutti i Fiorentini di fede cattolica venivano battezzati sotto la splendida volta di San Giovanni. Le informazioni contenute nei registri offrono perciò una documentazione anagrafica di primaria importanza e di eccezionale continuità per la storia della città, tanto da avere alimentato una tradizione di studi demografici che risale al 1775, quando furono pubblicate le Ricerche sull'antica e moderna popolazione della città di Firenze di Marco Lastri.

La raccolta, che si articola in registri originali, registri duplicati, quaderni e indici, pervenne all'Opera del Duomo nel 1777, in conseguenza della sua fusione con l'Opera di San Giovanni, che fino ad allora aveva amministrato il Battistero in modo del tutto separato da Santa Maria del Fiore

Purtroppo, a parte questi documenti e altro materiale passato all'Opera del Duomo, l'archivio dell'Opera di San Giovanni è andato largamente disperso, specie per quanto riguarda i secoli più remoti.

I registri battesimali sono consultabili online